1.土壤消毒：针对土壤的病虫害种类选用农药，在定植前10天-15天进行。若枯萎病严重，可在畦面或沟面喷浇100倍-200倍的福尔马林液，用薄膜覆盖五天，等半月后药剂就全部挥发完毕了，这时可播种、定植。若有地下害虫可在土壤处理时加一定数量的杀虫剂。
2.棚内消毒：在播种或定植前7天-10天进行棚内消毒。每立方米用四克硫磺、八锯末克混合均匀，放在容器内燃烧，于晚上用熏烟密闭一天一夜。
3.沟塘消毒：如果枯萎病严重，可在完植前进行土壤消毒，也可以在定植沟塘内进行，每亩用50%托布津1.25千克或50%多菌灵0.75千克或70%五氯硝基苯1千克左右进行消毒。
4.工具消毒：这点通常被人们忽视，有些病害是通过作业工具的缝隙得以留存的，它们是连栋温室病害传播的帮凶。