种荠贮藏方法有两种：一是窖藏法。贮种400～500千克的地窖，挖坑长、宽、深各为100厘米，窖底略宽。而后将种荠轻轻铺入窖内，每放20～25厘米厚度的球茎，上撒干细土一层，以吸收球茎中散出的水分，如此层层堆积，至离窖口20～25厘米时，其上铺干细土封口。窖口搁木板，以免意外压坏荸茎和催芽育苗前便于开窖取种。另一种是堆藏法。将种荠堆积在地面上，四周用围席围住，其大小，根据贮种量而定，堆藏的方法和窖藏一样，一般堆高不超过100厘米。围席外用河泥涂抹，堆上盖土和稻草，涂泥封顶。