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发酵床养鸡的鸡舍建设根据当地风向情况，选地势高燥地带建设，可以建设大棚发酵床养鸡舍，大棚两端顺风向设定，长宽比为3比1左右，高3.5米左右，深挖地下30公分以上，北方则要40公分以上（也可以在泥土地面上四周砌30-40公分高度的挡土墙，但同时鸡舍也需加高30到40公分），以填入垫料。地上式的更为简单一些，也适用于旧鸡舍的改造，只需要在旧鸡舍内的四周，用相应的材料（如砖块、土坯、土埂、木板、或其他当地可利用的材料）做30～40公分高的挡土墙即可，地面是泥地，垫料30～40公分的垫料，加入发酵床菌液即可以了。
也可以采用半地下式的，即把鸡棚中间的泥地挖一点，如挖15公分深，挖出的泥土，可以直接堆放到大棚四周，作为挡土墙之用，起到了就地取材的作用。
总之，只要空出高度为30～40公分的空间，放置发酵床垫料即可，再在上面盖上养鸡的大棚即可。
建设简单的大棚，以24×8米的大棚为例，面积为192平方米，造价不到8000元，而建设相应的砖瓦结构鸡舍，需要4～5万元。
充分利用阳光的温度控制：大棚上复塑胶薄膜、遮阳网，配以摇膜装置，棚顶每5米或全部设置天窗式排气装置，天热可将四周裙膜摇起，达到充分通风的目的。冬天温度下降，则可利用摇膜器控制裙膜的高低，来调控舍内温、湿度。冬天可将朝南遮阳网提高，以增加阳光的照射面积，达到增温和消毒的目的。使用寿命可达到6-8年。
大棚发酵床养鸡的通风：不使用传统的风机进行机械通风，而是靠自然通风。
垂直通风：大棚顶部，必须每隔几米留有通气口或天窗，可以由两块塑料塑胶薄膜组成，一块固定，另外一块为活动状态的，打开通风口时，拉动活动的塑料薄膜，露出通风口，发酵产气可以直接上升排走，并起到促进空气对流的作用，并可垂直通风；在夏天可以利用这一通风模式。
纵向通风：利用摇膜器，掀开前后的裙膜可横向通风；把鸡棚两端的门敞开，可实施纵向通风。自然通风不需要通风设备，也不耗电，是资源节约型的。
发酵床鸡舍内，设定相应的育雏箱，育雏箱由三个不同温度而连接在一起的一个整体箱组成。即休息室、采食槽、饮水槽，由休息室至饮水槽的距离不可低于60～80厘米，随着雏鸡的迹渐长大，迫使雏鸡每天至少行走50～60次。其实在发酵床养鸡舍中，雏鸡会更愿意，或更早地离开保温箱，到发酵床中活动和戏耍，啄食垫料，刨地等活动，从而锻炼了鸡只的健康和消化道能力。
同时，每隔数米距离，放置几根支撑起来的竹架子，离地高度在50～80公分左右，目的是让成鸡可以飞上戏耍，并休息的地方，夏天又可以起到清凉解暑的作用，并可相应增加养殖密度，提高效益，减少心理应激。
同时，在鸡舍外另外单独建设一个隔离栏舍，以备病鸡隔离治疗处理之用。