经常提到的的复合微生物肥料，其实是一种菌剂，是一类微生物群体。这类微生物菌剂能够提供一种或多种对作物生长有益的微生物群落。由于农业上应用的微生物菌剂常常和草炭、有机肥料等有机质含量较高的基质混合在一起，习惯上把微生物菌剂称为复合微生物肥料，人们俗称为“菌肥”。

    复合微生物肥料的作用机理根本不同于化学肥料。能够提供一种微生物群落的叫“单一微生物肥料”或“专一微生物菌剂（肥料）”；能够提供两种以上多种微生物群落的叫“复合微生物菌剂（肥料）”。根据微生物的作用划分，可以将微生物菌剂划分为“固氮细菌（菌剂）”、“腐解细菌（菌剂）”等。复合微生物肥料在农作物上推广应用，不仅可以提高无机肥料的有效利用率，应用试验表明：用枯草芽孢杆菌、地衣芽孢杆菌、嗜热脂肪地芽孢杆菌生产的复合微生物肥料连续使用两年以上，土壤中有益放线菌数量增加8.4倍，固氮菌增加39倍，从而达到活化、蔬松土壤，提高土壤肥力的作用，有益微生物菌的大量繁殖，可以把多年沉积固定在土壤中的化学肥料活化后再一次供农作物吸收利用。

    复合微生物肥料充分将无机肥料、有机肥料和有益微生物三者结合，实现了相辅相存，互相补充，真正的做到1+1+1＞3的作用。   不仅给作物生长提供所需的NPK和中微量元素外，还能为作物提供有机质和有益活性菌。有机质能促进氮磷钾吸收，微生物加速分解有机质，有机质助力微生物繁殖。

    因此土壤中侧孢芽孢杆菌数量的增加，对土传真菌性病害以及根结线虫能进行有效生物防治，其防治率可高达70-80%，与化学农药防效相当。减少化学农药的使用量，从而提农产物的产量以及抗重茬的能力。