小肠球虫的感染是本病的主要原因之一。

小肠球虫主要寄生于肠粘膜上皮细胞中，当其大量生长繁殖时，必然导致肠粘膜增厚，水肿，严重脱落及出血等病变， 则几乎使饲料不能被完全消化吸收，同时对水分的吸收也明显减少，尽管鸡大量饮水，也会引起脱水现象，所以发病鸡群所排的粪便就很稀薄且不成形，内含有没有被消化的饲料。

粪便呈现拉稀较多，有的鸡群并不拉稀，粪便相对很干燥的，但粪便很短、小、细;拉稀的鸡群粪便主要表现消化不良，有的鸡拉手掌大小的灰白色奶样稀便，有的像一堆豆皮样的粪便，内有很多没消化的饲料;有的鸡群出现肉样或西红柿样的粪便。采食减少、吃料慢、料槽有剩料，有闭眼但精神很好的鸡只。这种情况很容易造成误诊。

二、细菌感染

细菌能引起肠炎，也是肉鸡肠毒综合症的病因之一：如沙门氏菌、产气夹膜梭菌等，通过刺激破坏肠道黏膜，同时引起炎症使肠蠕动速度加快，消化液排泄过多，饲料通过消化道的时间缩短，导致消化不良。

三、病毒感染

病毒也是引起肠毒综合症的诱因之一;如呼肠弧病毒引起肠炎，损害肠道的吸收功能。

四、肠道内的酸碱平衡失调

由于季节、饲料、病原微生物等原因引起肠道菌群失调，产生大量乳酸，使肠道内PH值严重降低，肠道内环境发生改变，有益菌减少有害菌大量繁殖，又由于此时肠道处于厌氧环境，魏氏梭菌、肠梭菌等厌氧菌会大量繁殖，有害菌与球虫相互协调而加强了致病性。

这样就会造成有益菌减少，而有害菌大量生长繁殖，特别是大肠杆菌、沙门氏菌能加重致病性。菌群所分泌的毒素增多，刺激肠道粘膜使肠蠕动加快，消化液排出增多，饲料通过肠道的时间缩短，消化不良，未消化的饲料随同脱落的粘膜一起排出体外，形成特征性的西红柿样或鱼肠样粪便。这也是肠炎怎么回事的重要原因之一。

五、电解质大量流失

由于球虫和有害菌大量生长繁殖导致消化不良和肠道吸收障碍，使电解质吸收减少，同时，由于大量的肠粘膜细胞迅速破裂崩解，使电解质大量流失，出现生理生化障碍，特别是钾离子的大量流失，引起坏死性肠炎的发生。

自体中毒

在发病的过程中，大量的肠道上皮细胞破裂，在细菌的作用下，发生腐败分解，以及脱落的肠粘膜、死亡的虫体等在体内发酵分解产生大量有毒物质，同时，肠道内异常菌群分泌的毒素均会被机体吸收后发生自体中毒，出现兴奋不安、尖叫、瘫痪而衰竭死亡等症状，这是肠毒综合征的主要表现。

七、饲料因素

饲料中大量的能量、蛋白质和部分维生素能促进细菌与球虫的大量繁殖，加重症状。所以营养越丰富，发病率就越高，症状就越严重。而饲喂品质较低的饲料相对发病较低。另外霉变饲料也能加重病。

八、物中毒

长期用，使物对肠道粘膜造成损伤，引发肠炎。

介于以上八大原因，根据不同的原因引起的肠道疾病，要采取相应的医疗措施，且不可耽误病情，错失医疗时机。