首先，电磁流量计只可以用来测量导电介质的液体流量，而且在高温条件下测量时，必须考虑其衬里。

其次，电磁流量计的安装调试比较复杂，要求更严格，尤其是变送器和转换器必须配套才能使用。且安装的地方不能有振动和强磁场存在。另外，在使用前，必须排尽测量管中存留的气体以免造成较大的测量误差。

如果电磁流量计用来测量带有污垢的粘性介质时，那么其粘性物有可能会附着在测量管内壁或电极上，从而也会导致变送器输出电势发生变化，使得测量产生误差。如果电极上污垢物太厚的话，最终就会导致仪表无法测量。

此外，如果供水管道结垢或磨损使得内径尺寸改变的话，那么有可能影响到原定的流量值，而造成测量误差。

除上述缺点以外，信号问题也将影响到电磁流量计的测量。