有一些有机氟化物是剧毒 的，包括部分有机磷酸酯如沙林(甲 氟磷酸异丙酯) 和二异丙基氟磷酸。它们可在肌神经接合点与胆碱酯酶反应，并因此阻止神经刺激向肌肉传递。抑制剂中反应性强的F-P键是丝氨酸活性中心残基亲核进攻的位点，反应后F-离子离去，酶则失活。

虽然聚四氟乙 烯是化学惰性且无 毒 的，但在炊具温度超过260 °C后就会变性，并且在350 °C以上分解。这些降解产物可能对鸟类是致命的，也有可能在人类中导致类似流感的症状。相比之下，脂肪、油和黄油在200 °C以上烧焦变质，而对于肉则是在200-230 °C之间。

在一份1959年（在美国食品药品监督管理局通过食物加工器材使用之前）的研究中，表明使用普通油时，有涂层的锅干热时放出的烟较普通锅放出的毒性要小。